1. ARCHITEKTŪRINIAI PLANAI IR BRĖŽINIAI
F78 901 l. s. vnt. XVI– XX a.
2. ATGIMIMO SPAUDA
F233 247 l. s. vnt. 1988–1993 m.
3. ATSKIRI DOKUMENTAI
F72 1 142 l. s. vnt. XVI a.–1989 m.
4. AUTOGRAFAI
F48 306 s. vnt. 1519–1964 m.
5. FOTOGRAFIJOS
F82 2 211 s. vnt. 1873–1977 m.
6. INVENTORIAI (Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės teritorijoje veikusių įvairių konfesijų bažnyčių bei vienuolijų administravimo ir turto dokumentai, didikų ir žemvaldžių bei valstybinių valdų ir miestų, giminių archyvai)
F4 38 673 l. s. vnt. 1501–1860 m.
7.KOPIJUOTI DOKUMENTAI. Fondas panaikintas, dokumentai perkelti į F72
F225 11 l. s. vnt. 1719–1989 m.
8. LITERATŪRINIŲ RANKRAŠČIŲ RINKINYS
F91 1 706 l. s. vnt. 1863–1979 m.
9. LIETUVOS DIDŽIOSIOS KUNIGAIKŠTYSTĖS DOKUMENTAI
F69 151 s. vnt. 1489–1815 m.
10. LIETUVOS DIDŽIOSIOS KUNIGAIKŠTYSTĖS TEISMŲ AKTAI (Kauno magistrato, Šiaulių, Telšių, Trakų, Ukmergės, Upytės, Vilniaus, Žemaičių žemės ir pilies, Bielsko, Gardino, Liublino, Pinsko teismų aktai)
F7 539 l. s. vnt. 1522–1845 m.
11. LITUANIKA
F118 556 l. s. vnt. 1905–1988 m.
12. MEDŽIAGA ARCHEOLOGINIAMS ŽEMĖLAPIAMS (Kauno, Gardino ir Vitebsko liaudies mokyklų mokytojų, valsčių viršaičių, šventikų atsakymai į F. V. Pokrovskio ir Maskvos archeologų d-jos anketas)
F35 935 s. vnt. 1887–1898 m.
13. MIKROFILMAI
F83 279 s. vnt. 1391–1974 m.
14 MIŠRUS(Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės teritorijoje veikusių įvairių konfesijų bažnyčių ir vienuolynų administravimo, turto, pastoracinės ir edukacinės veiklos dokumentai, didikų ir bajorų šeimų archyvai, miestų administracijos įstaigų, cechų, kitos ūkinės veiklos dokumentai, carinės Rusijos Šiaurės Vakarų gubernijų administracijos, švietimo įstaigų dokumentai)
F5 19 246 l. s. vnt. XVI a.–1942 m.
15. PARODŲ MEDŽIAGA
F50 6 l. s. vnt. 1883–1936 m.
16. PERGAMENTAI
F80 70 l. s. vnt. XIII a.–1827 m.
17. RANKRAŠTINĖS GAIDOS
F45 181 s. vnt. XIV–XX a.
18. TRAKTATAI IR MOKSLO DARBAI
F3 2 693 s. vnt. XIV a., XVI a.–1908 m.
19. ŽEMĖS PLANAI
F23 210 l. s. vnt. 1719–1903 m.